Es ist kaum bekannt, dass es im Hafnersee – wie im nahe gelegenen Keutschacher See – urgeschichtliche Pfahlbauten gibt. Diese Pfahlbauten liegen im wahrsten Sinn des Wortes im Hafnersee verborgen. Das Wasser des Hafnersees ist braun, die Farbe wird durch einen erhöhten Anteil an Huminsäuren verursacht. Bereits 1974 entdeckt, führen die Pfahlbauten im Hafnersee ein Schattendasein. Wie im Keutschacher See liegen die Pfahlbauten auf einer Untiefe, was in gesamteuropäischer Sicht ungewöhnlich ist, und stammen aus dem Neolithikum (Jungsteinzeit).